Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 MED24-208ENST00000479829 733 ntTSL 521.3■■□□□ 11e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.881e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 GUK1-220ENST00000471270 657 ntTSL 220.45■□□□□ 0.861e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MAST3-203ENST00000608648 1760 ntTSL 520.09■□□□□ 0.811e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.791e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 RAB11FIP4-203ENST00000578694 487 ntTSL 519.17■□□□□ 0.661e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 RAB11FIP4-208ENST00000582009 596 ntTSL 318.43■□□□□ 0.541e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.491e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.482e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ATP5D-203ENST00000588538 1393 ntTSL 1 (best)17.86■□□□□ 0.451e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.381e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 CDC45-204ENST00000428937 577 ntTSL 517.39■□□□□ 0.371e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.361e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ATP5D-205ENST00000590265 1144 ntTSL 1 (best)17.32■□□□□ 0.361e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ATP5D-204ENST00000589478 640 ntTSL 217.29■□□□□ 0.361e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 RAB11FIP4-209ENST00000583755 567 ntTSL 417.15■□□□□ 0.341e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 RHOT2-217ENST00000567589 550 ntTSL 317.04■□□□□ 0.321e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.311e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 JPX-213ENST00000640437 1620 ntTSL 516.56■□□□□ 0.242e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 INF2-203ENST00000392634 4672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.161e-8■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FKBP2-205ENST00000536642 637 ntTSL 215.98■□□□□ 0.152e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FKBP2-206ENST00000541388 705 ntTSL 515.98■□□□□ 0.152e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.125e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.125e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.055e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ATP5D-206ENST00000591249 405 ntTSL 514.8□□□□□ -0.041e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 RAB11FIP4-210ENST00000585058 5824 ntTSL 214.77□□□□□ -0.041e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 CAPZA2-202ENST00000414148 360 ntTSL 514.77□□□□□ -0.051e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MED24-233ENST00000585306 597 ntTSL 414.74□□□□□ -0.051e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ANKRD27-206ENST00000588700 773 ntTSL 514.57□□□□□ -0.089e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 GUK1-224ENST00000480056 544 ntTSL 314.51□□□□□ -0.091e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ANKRD27-202ENST00000586463 743 ntTSL 514.48□□□□□ -0.099e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.112e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 GYS1-203ENST00000457974 718 ntTSL 314.1□□□□□ -0.151e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ANKRD27-204ENST00000587352 3301 ntTSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.169e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 UBXN4-201ENST00000272638 4006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.181e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ATP5D-209ENST00000614837 343 ntTSL 213.77□□□□□ -0.211e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.211e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 INF2-202ENST00000330634 7578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.241e-8■■■■■ 34.6
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SF3A3Q12874 PRMT5-209ENST00000553502 414 ntTSL 312.26□□□□□ -0.451e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FKBP2-203ENST00000449942 613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 CDC45-208ENST00000471470 857 ntTSL 511.94□□□□□ -0.51e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 CAPZA2-201ENST00000361183 5182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.521e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FAM13A-220ENST00000513837 2590 ntTSL 2 BASIC10.88□□□□□ -0.677e-14■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MED24-216ENST00000543759 628 ntTSL 410.72□□□□□ -0.691e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 JPX-207ENST00000602772 1692 ntTSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.722e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 NUDT13-207ENST00000544879 2258 ntTSL 2 BASIC10.24□□□□□ -0.771e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FAM13A-207ENST00000504836 2287 ntTSL 210.01□□□□□ -0.817e-14■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FAM13A-212ENST00000508369 3169 ntTSL 5 BASIC9.99□□□□□ -0.817e-14■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MYO19-216ENST00000616207 786 ntTSL 59.79□□□□□ -0.849e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ANPEP-205ENST00000559874 663 ntTSL 39.57□□□□□ -0.881e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FAM13A-216ENST00000511573 3442 ntTSL 29.43□□□□□ -0.97e-14■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FAM13A-218ENST00000511976 3579 ntTSL 1 (best) BASIC9.27□□□□□ -0.937e-14■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MED24-229ENST00000582023 592 ntTSL 49.13□□□□□ -0.951e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 NUDT13-201ENST00000349051 1835 ntTSL 1 (best) BASIC9.06□□□□□ -0.961e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 NUP98-207ENST00000429801 2541 ntTSL 1 (best)9.04□□□□□ -0.961e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FAM13A-221ENST00000515155 576 ntTSL 48.84□□□□□ -0.997e-14■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FAM13A-202ENST00000395002 4945 ntTSL 1 (best) BASIC8.84□□□□□ -0.997e-14■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FAM13A-201ENST00000264344 5858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC8.73□□□□□ -1.017e-14■■■■■ 34.6
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SF3A3Q12874 FAM13A-205ENST00000503556 3386 ntTSL 1 (best) BASIC8.53□□□□□ -1.047e-14■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 NUDT13-203ENST00000372997 1919 ntTSL 1 (best) BASIC8.27□□□□□ -1.091e-9■■■■■ 34.6
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SF3A3Q12874 NUDT13-202ENST00000357321 2102 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.21□□□□□ -1.11e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MYO19-211ENST00000613551 556 ntTSL 47.55□□□□□ -1.29e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FAM13A-210ENST00000507352 1306 ntTSL 1 (best)7.44□□□□□ -1.227e-14■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 NUDT13-208ENST00000617744 928 ntTSL 5 BASIC7.26□□□□□ -1.251e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MED24-215ENST00000537674 548 ntTSL 37.08□□□□□ -1.281e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MED24-223ENST00000580517 567 ntTSL 47.08□□□□□ -1.281e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 NUDT13-206ENST00000537969 2151 ntTSL 2 BASIC6.98□□□□□ -1.291e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 NUP98-213ENST00000524563 841 ntTSL 36.27□□□□□ -1.411e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MED24-218ENST00000578161 580 ntTSL 35.59□□□□□ -1.511e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 CAPZA2-212ENST00000490693 809 ntTSL 2 BASIC5.58□□□□□ -1.521e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 CAPZA2-204ENST00000426421 1214 ntTSL 54.49□□□□□ -1.691e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 CAPZA2-203ENST00000417431 517 ntTSL 34.15□□□□□ -1.751e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 CAPZA2-214ENST00000628758 525 ntTSL 5 BASIC4.08□□□□□ -1.761e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 CAPZA2-208ENST00000464669 898 ntTSL 24.08□□□□□ -1.761e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 CAPZA2-205ENST00000449080 814 ntTSL 53.88□□□□□ -1.791e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 KNTC1-201ENST00000333479 6975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.58□□□□□ -1.841e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 KNTC1-205ENST00000450485 3655 ntTSL 2 BASIC3.3□□□□□ -1.881e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 UBXN4-208ENST00000490163 3394 ntTSL 23.14□□□□□ -1.911e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 UBXN4-207ENST00000471246 395 ntTSL 31.62□□□□□ -2.151e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.191e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.051e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MKS1-201ENST00000313863 2091 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.051e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 MKS1-203ENST00000393120 1926 ntTSL 214.73□□□□□ -0.051e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ACTN1-204ENST00000438964 3043 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.014e-7■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 ACTN1-205ENST00000538545 2813 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.064e-7■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 ACTN1-202ENST00000376839 2824 ntTSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.124e-7■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 ACTN1-201ENST00000193403 3779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.6□□□□□ -0.394e-7■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 ACTN1-203ENST00000394419 3464 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.554e-7■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.442e-6■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.42e-6■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.362e-6■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 EIF4G1-216ENST00000427845 5038 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.242e-6■■■■■ 34.5
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