Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA1P49639 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA1P49639 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA1P49639 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
HOXA1P49639 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXA1P49639 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms