Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SMARCAL1Q9NZC9 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.1 ms