Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

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Length 1,235 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP40Q9NVE5 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP40Q9NVE5 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
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