Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC42Q96M95 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46 ms