Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP4Q13107 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP4Q13107 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP4Q13107 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP4Q13107 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP4Q13107 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
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