Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms