Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CPSF3Q9UKF6 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms