Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL18A1P39060 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
COL18A1P39060 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms