Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP49Q70CQ1 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
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