Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL9A3Q14050 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL9A3Q14050 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
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