Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP3Q9Y3E7 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
CHMP3Q9Y3E7 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP3Q9Y3E7 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms