Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMA1Q9UHB6 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMA1Q9UHB6 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.6 ms