Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms