Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
DKK3Q9UBP4 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms