Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms