Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN3O15551 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms