Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4W6

EBF3, Transcription factor COE3, humanhuman

Predictions only

Length 596 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EBF3Q9H4W6 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
EBF3Q9H4W6 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
EBF3Q9H4W6 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.8 ms