Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VIMP08670 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VIMP08670 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VIMP08670 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VIMP08670 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
VIMP08670 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VIMP08670 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VIMP08670 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VIMP08670 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VIMP08670 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VIMP08670 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VIMP08670 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VIMP08670 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VIMP08670 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VIMP08670 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VIMP08670 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VIMP08670 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VIMP08670 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VIMP08670 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VIMP08670 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VIMP08670 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VIMP08670 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VIMP08670 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VIMP08670 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VIMP08670 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VIMP08670 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VIMP08670 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VIMP08670 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms