Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
MSH5O43196 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
MSH5O43196 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
MSH5O43196 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
MSH5O43196 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
MSH5O43196 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
MSH5O43196 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
MSH5O43196 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
MSH5O43196 SVBP-202ENST00000372522 650 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
MSH5O43196 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
MSH5O43196 AC084866.2-201ENST00000509956 449 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
MSH5O43196 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
MSH5O43196 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
MSH5O43196 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
MSH5O43196 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
MSH5O43196 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 SMIM26-201ENST00000411646 505 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 SMIM26-202ENST00000435844 575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 AC008147.4-201ENST00000617570 1204 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 SMIM11B-202ENST00000619874 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
MSH5O43196 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 ATXN3-201ENST00000340660 1205 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSH5O43196 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
MSH5O43196 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 AC010978.1-202ENST00000427050 893 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 AC008080.4-202ENST00000440034 1005 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
MSH5O43196 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 RPL23A-204ENST00000422514 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSH5O43196 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
MSH5O43196 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC28.49■■■□□ 2.15
MSH5O43196 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
MSH5O43196 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
MSH5O43196 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
MSH5O43196 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms