Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms