Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS29Q9UBQ0 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS29Q9UBQ0 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS29Q9UBQ0 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VPS29Q9UBQ0 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS29Q9UBQ0 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms