Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCB1Q12824 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SMARCB1Q12824 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.2 ms