Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD9P28356 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
HOXD9P28356 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.5 ms