Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
SMKR1H3BMG3 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms