Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC27.39■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4AQ9BY43 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms