Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC29.49■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms