Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.42
HOXA1P49639 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA1P49639 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA1P49639 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA1P49639 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXA1P49639 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms