Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC37.7■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.7■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37.69■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC37.69■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC37.68■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC37.68■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.66■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC37.65■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.65■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.65■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC37.64■■■■□ 3.62
CCDC88BA6NC98 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC37.63■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC37.63■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC37.63■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC37.63■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC37.62■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.62■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC37.62■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC37.61■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC37.61■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.61■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC37.6■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.6■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC37.6■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC37.6■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC37.6■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC37.6■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.6■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC37.6■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC37.59■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC37.59■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC37.58■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.61
CCDC88BA6NC98 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms