Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 TMEM267-204ENST00000510130 721 ntTSL 3 BASIC10.05□□□□□ -0.88e-8■■■■■ 34.3
SF3B1O75533 TMEM267-201ENST00000397080 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.088e-8■■■■■ 34.3
SF3B1O75533 TMEM267-202ENST00000500337 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.93□□□□□ -1.148e-8■■■■■ 34.3
SF3B1O75533 SLC30A6-201ENST00000282587 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.51□□□□□ -1.212e-6■■■■■ 34.3
SF3B1O75533 SLC30A6-205ENST00000435660 4776 ntTSL 1 (best) BASIC4.79□□□□□ -1.642e-6■■■■■ 34.3
SF3B1O75533 SLC30A6-204ENST00000406369 4589 ntTSL 1 (best) BASIC4.14□□□□□ -1.752e-6■■■■■ 34.3
SF3B1O75533 TMEM267-203ENST00000506860 736 ntTSL 33.68□□□□□ -1.828e-8■■■■■ 34.3
SF3B1O75533 SLC30A6-202ENST00000357055 4758 ntTSL 2 BASIC3.23□□□□□ -1.892e-6■■■■■ 34.3
SF3B1O75533 TMEM267-205ENST00000511525 629 ntTSL 32.01□□□□□ -2.098e-8■■■■■ 34.3
SF3B1O75533 DNM2-210ENST00000587830 868 ntTSL 512.21□□□□□ -0.453e-6■■■■■ 34.3
SF3B1O75533 SREBF1-208ENST00000469356 1323 ntTSL 324.75■■□□□ 1.553e-7■■■■■ 34.3
SF3B1O75533 ZEB2-225ENST00000558170 4012 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.013e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 ZEB2-231ENST00000630572 468 ntTSL 514.55□□□□□ -0.083e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 ZEB2-204ENST00000409487 5361 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.113e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 ZEB2-237ENST00000636732 5073 ntTSL 514.28□□□□□ -0.123e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 ZEB2-202ENST00000392861 1514 ntTSL 1 (best)14.09□□□□□ -0.153e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 ZEB2-209ENST00000435831 554 ntTSL 410.97□□□□□ -0.653e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 ZEB2-207ENST00000431672 709 ntTSL 410.68□□□□□ -0.73e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 ZEB2-208ENST00000434448 583 ntTSL 59□□□□□ -0.973e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 ZEB2-206ENST00000427902 2236 ntTSL 1 (best)8□□□□□ -1.133e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 ZEB2-203ENST00000409211 587 ntTSL 47□□□□□ -1.293e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 ZEB2-213ENST00000461784 751 ntTSL 34.23□□□□□ -1.733e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 ZNF292-208ENST00000518845 277 ntTSL 322.76■■□□□ 1.232e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 FDFT1-212ENST00000528643 1909 ntTSL 2 BASIC8.62□□□□□ -1.033e-6■■■■■ 34.2
SF3B1O75533 NUP58-203ENST00000381747 1659 ntTSL 519.95■□□□□ 0.783e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 NUP58-208ENST00000466694 1854 ntTSL 517.55■□□□□ 0.43e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.283e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 NUP58-206ENST00000463407 6360 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.293e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 NUP58-202ENST00000381736 4332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.533e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 NUP58-204ENST00000394327 1408 ntTSL 56.69□□□□□ -1.343e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 LINC00470-204ENST00000578835 674 ntTSL 28.45□□□□□ -1.065e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 LINC00470-206ENST00000581212 721 ntTSL 1 (best)4.2□□□□□ -1.745e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 LINC00470-202ENST00000577403 251 ntTSL 1 (best)2.56□□□□□ -25e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 LINC00470-209ENST00000582862 424 ntTSL 1 (best)2.56□□□□□ -25e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.125e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 FAM178B-201ENST00000393526 1004 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.151e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 FAM178B-202ENST00000470789 722 ntTSL 1 (best)12.34□□□□□ -0.431e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.611e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.521e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 TNPO2-202ENST00000425528 5122 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.44□□□□□ -0.11e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.62e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 MAP4-201ENST00000335271 1564 ntAPPRIS ALT2 TSL 216.32■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 MAP4-205ENST00000420772 3478 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.94□□□□□ -0.822e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.771e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.471e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.371e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 CAPN1-203ENST00000525013 643 ntTSL 220.36■□□□□ 0.854e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.681e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 PLEKHM2-204ENST00000477849 1057 ntTSL 517.72■□□□□ 0.434e-6■■■■■ 34.1
SF3B1O75533 BCL2L2-205ENST00000557236 631 ntTSL 521.84■■□□□ 1.099e-7■■■■■ 34
SF3B1O75533 BCL2L2-204ENST00000556599 548 ntTSL 319.94■□□□□ 0.789e-7■■■■■ 34
SF3B1O75533 TRMT2A-218ENST00000492988 854 ntTSL 518.45■□□□□ 0.549e-7■■■■■ 34
SF3B1O75533 BCL2L2-201ENST00000250405 3605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.289e-7■■■■■ 34
SF3B1O75533 ACCS-209ENST00000531940 1234 ntTSL 516.02■□□□□ 0.163e-8■■■■■ 34
SF3B1O75533 ACCS-204ENST00000527346 3373 ntTSL 29.23□□□□□ -0.933e-8■■■■■ 34
SF3B1O75533 XPO1-211ENST00000451765 643 ntTSL 317.75■□□□□ 0.431e-6■■■■■ 34
SF3B1O75533 NAP1L4-213ENST00000526842 535 ntTSL 519.62■□□□□ 0.733e-7■■■■■ 34
SF3B1O75533 NAP1L4-221ENST00000534372 544 ntTSL 511.54□□□□□ -0.563e-7■■■■■ 34
SF3B1O75533 NAP1L4-219ENST00000531291 572 ntTSL 58.23□□□□□ -1.093e-7■■■■■ 34
SF3B1O75533 NAP1L4-216ENST00000528968 587 ntTSL 57.45□□□□□ -1.223e-7■■■■■ 34
SF3B1O75533 NAP1L4-217ENST00000529361 555 ntTSL 56.21□□□□□ -1.423e-7■■■■■ 34
SF3B1O75533 NAP1L4-202ENST00000399614 594 ntTSL 44.25□□□□□ -1.733e-7■■■■■ 34
SF3B1O75533 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.044e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.785e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 GRK6-205ENST00000506296 955 ntTSL 519.5■□□□□ 0.714e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.715e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.684e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 UNK-208ENST00000592629 633 ntTSL 319.02■□□□□ 0.644e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.634e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 UNK-206ENST00000589790 549 ntTSL 318.29■□□□□ 0.524e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.335e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 HMGA1-206ENST00000478214 716 ntTSL 1 (best)16.99■□□□□ 0.315e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.215e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 UNK-202ENST00000586527 1312 ntTSL 1 (best)16.22■□□□□ 0.194e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 GRK6-203ENST00000393576 2792 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.084e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 GRK6-211ENST00000528793 2571 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.034e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 UNK-204ENST00000587501 984 ntTSL 1 (best)14.32□□□□□ -0.124e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB-202ENST00000444874 2661 ntTSL 214.64□□□□□ -0.075e-7■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB-201ENST00000310771 3634 ntTSL 2 BASIC11.26□□□□□ -0.615e-7■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 SRRM2-217ENST00000573692 459 ntTSL 318.66■□□□□ 0.581e-44■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 LINC01029-203ENST00000582805 788 ntTSL 1 (best)16.18■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 33.9
SF3B1O75533 RBM3-204ENST00000466764 1375 ntTSL 318.2■□□□□ 0.52e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.392e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 RBM3-205ENST00000472897 501 ntTSL 516.99■□□□□ 0.312e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 RBM3-208ENST00000489344 724 ntTSL 215.36■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 RBM3-209ENST00000490127 567 ntTSL 512.37□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.272e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.132e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 MBNL1-205ENST00000355460 5941 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.062e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 MBNL1-204ENST00000324210 5465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.72□□□□□ -1.332e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 MBNL1-220ENST00000493459 4205 ntTSL 1 (best) BASIC3.59□□□□□ -1.832e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.32e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 MED6-201ENST00000256379 1995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.093e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 MED6-202ENST00000430055 1507 ntTSL 2 BASIC12.39□□□□□ -0.433e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 MED6-203ENST00000440435 931 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.573e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 MED6-212ENST00000615788 1700 ntTSL 5 BASIC7.48□□□□□ -1.213e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 TEAD1-201ENST00000334310 3075 ntTSL 1 (best) BASIC7.18□□□□□ -1.263e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 TEAD1-205ENST00000527575 3063 ntTSL 5 BASIC7.18□□□□□ -1.263e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 MED6-207ENST00000554963 975 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4□□□□□ -1.773e-6■■■■■ 33.8
SF3B1O75533 PTBP1-211ENST00000587094 273 ntTSL 312.63□□□□□ -0.393e-6■■■■■ 33.8
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 3452.9 ms