Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM4Q9C037 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TRIM4Q9C037 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms