Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VPS39Q96JC1 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms