Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXD3P31249 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms