Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A2P12110 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL6A2P12110 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A2P12110 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms