Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SDCBPO00560 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SDCBPO00560 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms