Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms