Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SHMT2P34897 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SHMT2P34897 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SHMT2P34897 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SHMT2P34897 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SHMT2P34897 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms