Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPUSD4Q96CM3 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPUSD4Q96CM3 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPUSD4Q96CM3 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPUSD4Q96CM3 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPUSD4Q96CM3 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPUSD4Q96CM3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
RPUSD4Q96CM3 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
RPUSD4Q96CM3 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPUSD4Q96CM3 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
RPUSD4Q96CM3 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
RPUSD4Q96CM3 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
RPUSD4Q96CM3 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPUSD4Q96CM3 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPUSD4Q96CM3 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
RPUSD4Q96CM3 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
RPUSD4Q96CM3 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
RPUSD4Q96CM3 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
RPUSD4Q96CM3 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
RPUSD4Q96CM3 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
RPUSD4Q96CM3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
RPUSD4Q96CM3 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms