Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 NUP50-208ENST00000430547 537 ntTSL 419.29■□□□□ 0.682e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.632e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 TCF25-203ENST00000561585 981 ntTSL 218.84■□□□□ 0.612e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 TCF25-204ENST00000561958 763 ntTSL 318.52■□□□□ 0.562e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 DUS1L-208ENST00000578264 1071 ntTSL 518.44■□□□□ 0.542e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 GLI4-205ENST00000519876 585 ntTSL 318.36■□□□□ 0.532e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.522e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 TCF25-214ENST00000565196 655 ntTSL 517.81■□□□□ 0.442e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.432e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.372e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.372e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 NUP50-210ENST00000434760 763 ntTSL 417.33■□□□□ 0.362e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.292e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 NUP50-204ENST00000417702 584 ntTSL 416.78■□□□□ 0.282e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 NUP50-219ENST00000497960 986 ntTSL 216.78■□□□□ 0.282e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 PYCR2-202ENST00000446534 1341 ntTSL 216.7■□□□□ 0.262e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 FBXO8-204ENST00000515664 1377 ntTSL 516.62■□□□□ 0.252e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.22e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 ATF6B-217ENST00000495579 1176 ntTSL 1 (best)15.6■□□□□ 0.092e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 TFR2-209ENST00000473963 771 ntTSL 315.52■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 BIRC5-203ENST00000374948 2446 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.042e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 EHMT1-214ENST00000488242 789 ntTSL 515.24■□□□□ 0.032e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 TRIM23-202ENST00000274327 1829 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.022e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 LETMD1-229ENST00000551261 521 ntTSL 515.05■□□□□ -02e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 SNX3-204ENST00000426155 1072 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.032e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 ATF6B-214ENST00000485314 1020 ntTSL 214.71□□□□□ -0.052e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 BIRC5-204ENST00000586192 524 ntTSL 1 (best)14.66□□□□□ -0.062e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 BIRC5-205ENST00000587746 492 ntTSL 1 (best)14.66□□□□□ -0.062e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 SLC25A29-209ENST00000555051 371 ntTSL 314.64□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 SSR1-208ENST00000483409 570 ntTSL 414.58□□□□□ -0.082e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 SLC25A29-208ENST00000554912 5169 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.162e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 BIRC5-202ENST00000350051 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 QPRT-204ENST00000564967 2199 nt13.71□□□□□ -0.222e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 BIRC5-201ENST00000301633 2711 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 BIRC5-211ENST00000592734 386 ntTSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 PYCR2-203ENST00000466127 506 ntTSL 213.59□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 C1RL-201ENST00000266542 3394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.252e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 MTBP-202ENST00000456899 603 ntTSL 313.43□□□□□ -0.262e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 RPS21-203ENST00000370592 401 ntTSL 213.31□□□□□ -0.282e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 NCAPD2-212ENST00000542492 1052 ntTSL 513.06□□□□□ -0.322e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 MARCH3-201ENST00000308660 4196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.342e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 MTBP-206ENST00000522308 1981 ntTSL 212.91□□□□□ -0.342e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 PSMB3-211ENST00000619426 773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.352e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 BIRC5-209ENST00000591800 496 ntTSL 1 (best)12.87□□□□□ -0.352e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 C1RL-208ENST00000543933 592 ntTSL 512.49□□□□□ -0.412e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 C1RL-204ENST00000534969 532 ntTSL 312.38□□□□□ -0.432e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 C1RL-205ENST00000537833 561 ntTSL 312.38□□□□□ -0.432e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 SLC25A29-204ENST00000553574 323 ntTSL 212.37□□□□□ -0.432e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 AL645568.1-201ENST00000367716 1815 ntTSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 NUP50-216ENST00000486184 821 ntTSL 312.3□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 TRIM23-203ENST00000381018 1855 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 DHRS11-209ENST00000610443 4505 nt11.91□□□□□ -0.52e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 FBXO8-203ENST00000513696 928 ntTSL 510.96□□□□□ -0.652e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 C1RL-211ENST00000545280 449 ntTSL 3 BASIC10.86□□□□□ -0.672e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 AMFR-204ENST00000563664 567 ntTSL 410.74□□□□□ -0.692e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 NUP50-205ENST00000419387 1018 ntTSL 310.37□□□□□ -0.752e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 NUP50-215ENST00000484186 431 ntTSL 510.37□□□□□ -0.752e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 FBXO8-201ENST00000393674 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.32□□□□□ -0.762e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 NUTF2-208ENST00000587481 2608 nt10.27□□□□□ -0.762e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 NUP50-206ENST00000422489 543 ntTSL 310.19□□□□□ -0.782e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 EHMT1-232ENST00000636463 100 ntTSL 510.04□□□□□ -0.82e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 TRIM23-201ENST00000231524 4186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.94□□□□□ -0.822e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 RBM7-208ENST00000545678 867 ntTSL 3 BASIC9.9□□□□□ -0.822e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 SSR1-203ENST00000462112 1094 ntTSL 4 BASIC8.91□□□□□ -0.982e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 PSMB3-208ENST00000613870 662 ntTSL 38.89□□□□□ -0.992e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 EHMT1-227ENST00000635987 100 ntTSL 58.75□□□□□ -1.012e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 ZFX-204ENST00000379188 7513 ntTSL 5 BASIC7.97□□□□□ -1.132e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 ZFX-201ENST00000304543 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.65□□□□□ -1.182e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 PSMB3-212ENST00000620309 552 ntTSL 27.62□□□□□ -1.192e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 DHX9-205ENST00000479271 316 ntTSL 57.27□□□□□ -1.242e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 DHRS11-216ENST00000621871 883 ntTSL 37.15□□□□□ -1.262e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 ZFX-202ENST00000338565 2906 ntTSL 5 BASIC6.89□□□□□ -1.312e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 GOT1-203ENST00000489349 646 ntTSL 26.05□□□□□ -1.442e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 HERC1-213ENST00000561359 551 ntTSL 35.93□□□□□ -1.462e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 LETMD1-232ENST00000552430 608 ntTSL 35.65□□□□□ -1.512e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 ZFX-211ENST00000539115 6801 ntTSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.512e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 RNMT-208ENST00000591922 581 ntTSL 45.33□□□□□ -1.562e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 CSNK1G3-205ENST00000510842 1979 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.33□□□□□ -1.562e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 CSNK1G3-210ENST00000521364 2580 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.3□□□□□ -1.562e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 EP300-205ENST00000634787 496 ntTSL 25.26□□□□□ -1.572e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 PSMB3-209ENST00000614132 426 ntTSL 25.24□□□□□ -1.572e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 PRKDC-209ENST00000540819 537 ntTSL 35.14□□□□□ -1.592e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 ZFX-203ENST00000379177 7558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.12□□□□□ -1.592e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 PRMT1-205ENST00000525915 298 ntTSL 34.92□□□□□ -1.622e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 LETMD1-226ENST00000550755 552 ntTSL 44.56□□□□□ -1.682e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 FBXO8-205ENST00000615392 1591 ntTSL 1 (best) BASIC4.39□□□□□ -1.712e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 FRRS1-204ENST00000492943 440 ntTSL 54.06□□□□□ -1.762e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 AP002373.1-201ENST00000544347 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC4.01□□□□□ -1.772e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 LETMD1-237ENST00000553175 555 ntTSL 43.88□□□□□ -1.792e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 FRRS1-203ENST00000489209 216 ntTSL 53.77□□□□□ -1.812e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 CUL4B-207ENST00000497616 1011 ntTSL 23.56□□□□□ -1.842e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 SET-202ENST00000372686 1029 ntTSL 23.48□□□□□ -1.852e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 HERC1-215ENST00000561436 551 ntTSL 43.34□□□□□ -1.872e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 SSR1-209ENST00000488834 585 ntTSL 42.69□□□□□ -1.982e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 SET-203ENST00000372688 801 ntTSL 2 BASIC2.6□□□□□ -1.992e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 RBM25-210ENST00000532192 898 ntTSL 32.52□□□□□ -2.012e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 TRIM23-206ENST00000508808 482 ntTSL 52.38□□□□□ -2.032e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 ACAP2-207ENST00000466876 681 ntTSL 32.36□□□□□ -2.032e-7■■■■■ 41.4
SF3B1O75533 YME1L1-204ENST00000396296 986 ntTSL 522.33■■□□□ 1.172e-6■■■■■ 41.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 4420.1 ms