Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
EXOSC4Q9NPD3 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
EXOSC4Q9NPD3 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms