Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
PCIF1Q9H4Z3 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms