Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP28Q96RU2 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP28Q96RU2 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 103.2 ms