Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
USP54Q70EL1 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
USP54Q70EL1 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms