Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
USP49Q70CQ1 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP49Q70CQ1 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
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