Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS53Q5VIR6 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms