Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP4Q13107 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP4Q13107 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP4Q13107 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP4Q13107 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP4Q13107 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP4Q13107 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP4Q13107 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP4Q13107 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP4Q13107 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP4Q13107 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP4Q13107 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP4Q13107 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP4Q13107 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP4Q13107 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
USP4Q13107 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP4Q13107 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP4Q13107 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP4Q13107 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP4Q13107 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP4Q13107 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP4Q13107 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP4Q13107 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP4Q13107 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP4Q13107 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP4Q13107 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP4Q13107 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP4Q13107 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP4Q13107 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP4Q13107 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP4Q13107 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
USP4Q13107 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
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