Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
HOXA4Q00056 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms