Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC19.81■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIMS1P48059 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms