Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.24
COL18A1P39060 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL18A1P39060 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms