Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL5A3P25940 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
COL5A3P25940 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL5A3P25940 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
COL5A3P25940 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL5A3P25940 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL5A3P25940 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL5A3P25940 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL5A3P25940 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL5A3P25940 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL5A3P25940 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL5A3P25940 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL5A3P25940 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL5A3P25940 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms